1990 m. kovo 11 d. atkūrus Lietuvos nepriklausomybę, pradėtos pertvarkyti teisėsaugos įstaigos, įkurti nauji teisėtvarkos organai. Tuo metu Panevėžio vidaus reikalų skyriaus viršininku dirbo Antanas Krapas.
           1991 m. sausio 30 d.. vidaus reikalų skyriai pervardyti į policijos komisariatus.
           1991 m. birželio 17 d. Panevėžio miesto policijos komisariato vadovu paskirtas vyresnysis komisaras Eugenijus Venskevičius.
           1991 m. liepos 1 d. visi miesto policininkai prisiekė atkurtai Lietuvos Respublikai.
           1997 m. birželio 17 d. vietoj Panevėžio miesto policijos komisariato ir buvusių policijos nuovadų įkurtas Panevėžio miesto vyriausiasis policijos komisariatas (toliau – Panevėžio m. VPK) ir du teritoriniai policijos komisariatai.
           Pirmasis Panevėžio m. VPK  vadovas – vyriausiasis komisaras Vladimiras Kudijanovas.
           1999 m. spalio 20 d. Panevėžio m. VPK pradėjo vadovauti viršininkas Stanislovas Poliakas. Nuo 2000 m. Panevėžio m. VPK koordinuoja Panevėžio apskrities Biržų, Kupiškio, Panevėžio, Pasvalio rajonų policijos komisariatų bendradarbiavimą.
           Nuo 2008 m. spalio 1 d. vykdant Lietuvos policijos optimizavimo programą prie Panevėžio miesto vyriausiojo policijos komisariato prisijungė Panevėžio, Pasvalio, Biržų, Rokiškio ir Kupiškio rajonų policijos komisariatai, kurie kartu su Panevėžio miesto Pirmuoju ir Antruoju policijos komisariatais suformavo Panevėžio apskrities vyriausiąjį policijos komisariatą (toliau – Panevėžio apskr. VPK). Nuo 2009 m. rugsėjo 1 d. Panevėžio apskr. VPK Panevėžio miesto Pirmasis ir Antrasis policijos komisariatai buvo sujungti į Panevėžio miesto policijos komisariatą.
           Nuo 2008 m. lapkričio 19 d. apskrities policijai vadovauja vyriausiasis komisaras Rimantas Bobinas.
           Panevėžio aps. VPK dirba 1025 pareigūnai, karjeros valstybės tarnautojai ir kiti darbuotojai.
           Panevėžio aps. VPK sudaro 3 padaliniai: Kriminalinė policija, Viešoji policija, administravimo padaliniai, bei padaliniai tiesiogiai pavaldūs Panevėžio aps. VPK viršininkui.
           Kriminalinė policija – tai Kriminalistinių tyrimų, Nusikaltimų tyrimo, Operatyvinės veiklos ir Organizuoto nusikalstamumo tyrimo biurai. Viešoji policija – tai Kelių policijos biuras, Patrulių kuopa, Viešosios tvarkos biuras, Migracijos skyrius, Operatyvaus valdymo skyrius. Administravimo padaliniai – Valdymo organizavimo, Logistikos, Informatikos ir ryšių skyriai, Kanceliarija. Personalo, Finansų, Vidaus audito skyriai ir Vidaus tyrimų poskyris yra tiesiogiai pavaldūs Panevėžio apskr. VPK viršininkui padaliniai. Paslaugas gyventojams, įmonėms, bendrovėms teikia viešosios policijos Apsaugos tarnybos Panevėžio skyrius.
           Panevėžio aps. VPK siekia, kad jo pareigūnai taptų universaliais policininkais ir teiktų apskrities gyventojams kokybiškas paslaugas. Pareigūnų darbo kokybės rodiklis – visuomenės saugumas apskrityje ir padarytų nusikalstamų veikų išaiškinimas.
           Panevėžio aps. VPK veikia Tarptautinės policijos asociacijos Lietuvos skyriaus Panevėžio miesto poskyris. Būtent jis 1996 m. įkūrė pirmąjį šalyje Panevėžio apskrities policijos muziejų. Daugelį metų muziejui medžiagą rinko, paruošė ekspozicijas Vytautas Vyšniauskas.
           Panevėžio aps. VPK bendradarbiauja su Vokietijos Liūneno, Kanados Toronto miestų policijos pareigūnais, Pointmano (JAV) lyderiavimo institutu.